Con su traslado a Rouen, las condiciones de reclusión de la Doncella se volvieron más severas. Aunque debería haber sido encarcelada en una prisión eclesiástica y custodiada por mujeres, la pusieron bajo la vigilancia de soldados ingleses. El padre Jean Massieu de Rouen describió sus condiciones de reclusión en estos términos:
«Juana estaba encerrada en el castillo de Rouen, en una habitación situada en el piso intermedio de la torre, a la que se accedía subiendo ocho tramos de escaleras. Allí había una cama donde dormía y un gran bloque de madera al que estaba sujeta una cadena de hierro que servía para encadenarla. Tenía los pies atados. Se la encadenaba con un candado que se encontraba sobre el bloque de madera. La custodiaban cinco ingleses despreciables, que deseaban fervientemente la muerte de Juana y se burlaban de ella sin cesar».
Durante el proceso, Juana se quejó en repetidas ocasiones de esta situación y acusó al obispo Cauchon de ser el responsable. Además, a menudo tenía que defenderse —especialmente por la noche— de abusos por parte de sus guardias.
Antes de que comenzaran los interrogatorios a la acusada, se habían recopilado informes previos sobre Juana en su aldea, Domrémy, y en las localidades vecinas. Sin embargo, estos no resultaron útiles para el objetivo del juicio, que era condenar a Juana por brujería. Su reputación era demasiado buena como para poder extraer de ellos argumentos en su contra, ¡todo lo contrario!
En todas las etapas de este nefasto proceso quedó claro que cualquier testimonio favorable a Juana era silenciado y que cualquier gesto de compasión o comprensión hacia ella por parte de los miembros del tribunal era considerado sospechoso e incluso castigado.
El último confesor de Juana, Martin Ladvenu, lo describió así: «Tengo la impresión de que algunos asisitieron al juicio por miedo a los ingleses y otros para complacerlos. Sé que el maestro Nicolás de Houppeville fue encarcelado en la prisión real por negarse a participar en el juicio. También sé que Juana no contó con asistencia letrada durante el proceso, salvo hacia el final del mismo. Nadie se habría atrevido a asesorarla o guiarla, por miedo a los ingleses. […] A Ysambert de la Pierre, que en una ocasión quiso acudir en ayuda de Juana, se le ordenó callar y se le amenazó con ser arrojado al río Sena si volvía a hacer cosa semejante en el futuro».
Se podrían enumerar muchos puntos que ponen de relieve cuán infame fue este proceso. Cabe mencionar lo que Juana misma señaló durante su interrogatorio en Rouen: muchas de las cosas sobre las que ahora se le pedían cuentas ya las había respondido en un interrogatorio previo al comienzo de su misión, y las autoridades eclesiásticas las habían aprobado.
El 21 de febrero de 1431 se celebró la primera sesión pública del proceso de condena, presidida por el obispo Cauchon. Otros miembros del tribunal eran el consejero eclesiástico Jean d’Estivet, el promotor del proceso Jean de la Fontaine, el magistrado Jean Beaupère y otros 43 miembros, entre los que se encontraban abades, profesores y doctores, así como otras personalidades eclesiásticas de alto rango.
Juana no se dejó intimidar en absoluto durante los numerosos y largos interrogatorios ante el tribunal. Sus voces la animaban a responder con valentía, y así lo hizo. Ella, que no sabía leer ni escribir, mostró gran astucia en sus respuestas. Ante ciertas preguntas, se limitó a señalar que quería consultarlo primero con sus santos y que quizá respondería más tarde. En más de una ocasión, sorprendió a los presentes con su buena memoria sobre lo que ya se había preguntado y respondido. También esquivaba con habilidad las trampas que le tendían y sus respuestas sorprendieron a algunos por su precisión teológica.
Las preguntas del tribunal giraban una y otra vez en torno a sus voces, que se habría querido calificar de fantasmas, en particular de susurros diabólicos. Se pretendía demostrar que, al vestir con ropa de hombre, infringía los mandamientos de Dios. En efecto, Juana llevaba ropa varonil desde que había asumido el servicio militar. Se sentía más segura con esa ropa al convivir con los soldados y, además, era más adecuada para ese ámbito. Una y otra vez intentaron acusarla de no someterse a la Iglesia, pero no lo consiguieron. De hecho, Juana estaba dispuesta a seguir la guía de la Iglesia. Sin embargo, no reveló al tribunal ciertas cosas que estaban destinadas únicamente al rey y nunca renegó de sus voces.
En definitiva, el objetivo de los interrogatorios era demostrar que sus revelaciones sobrenaturales eran obra del diablo. La presionaron para que confesara que había sido engañada y para que se sometiera a la Iglesia, que consideraba falsas sus revelaciones. Incluso la amenazaron mostrándole instrumentos de tortura. Pero Juana no se dejó intimidar y permaneció fiel a sus santos. Fue ella quien advirtió al obispo de las consecuencias de su injusticia:
«Os llamáis mi juez. No sé si lo sois. Pero cuidaos de no juzgarme injustamente, pues os ponéis en gran peligro. Os lo advierto para que, si nuestro Señor os castiga, yo haya cumplido con mi deber y os lo haya dicho».
Juana tuvo que soportar seis interrogatorios públicos, seguidos de nueve extraordinarios, que se prolongaron hasta el 17 de marzo. Tenía la esperanza de ser liberada gracias a una gran victoria, tal y como le había prometido santa Catalina. Ella lo había entendido como una liberación de su prisión.
Juana declaró: «La mayoría de las veces, mis voces me decían que sería liberada gracias a una gran victoria, y después añadían: “¡Acéptalo todo! ¡No temas tu martirio! Al final entrarás en el Paraíso». Y me lo aseguraban sin lugar a dudas. Yo llamo “martirio” a las tribulaciones y adversidades que padezco en mi prisión y no sé si tendré que soportar más, ¡pero confío en Nuestro Señor!».
El infame juicio llegaba a su punto culminante. Se prepararon las acusaciones, se pronunciaron sermones de advertencia, se redactaron dictámenes y se formularon doce cargos. Todos tenían el mismo objetivo: ¡la Doncella enviada por Dios debía ser quemada como una bruja!
¡Juana estaba a punto de alcanzar su mayor victoria!