Con su traslado a Rouen, las condiciones de reclusión de la Doncella se volvieron más severas. Aunque debería haber sido encarcelada en una prisión eclesiástica y custodiada por mujeres, la pusieron bajo la vigilancia de soldados ingleses. El padre Jean Massieu de Rouen describió sus condiciones de reclusión en estos términos:
«Juana estaba encerrada en el castillo de Rouen, en una habitación situada en el piso intermedio de la torre, a la que se accedía subiendo ocho tramos de escaleras. Allí había una cama donde dormía y un gran bloque de madera al que estaba sujeta una cadena de hierro que servía para encadenarla. Tenía los pies atados. Se la encadenaba con un candado que se encontraba sobre el bloque de madera. La custodiaban cinco ingleses despreciables, que deseaban fervientemente la muerte de Juana y se burlaban de ella sin cesar».
Durante el proceso, Juana se quejó en repetidas ocasiones de esta situación y acusó al obispo Cauchon de ser el responsable. Además, a menudo tenía que defenderse —especialmente por la noche— de abusos por parte de sus guardias.
